《指引》明确了学校在校园食品安全和膳食经费管理方面的主体责任，要求校长切实履行第一责任人职责，严格执行陪餐制度，并每学期面向师生和家长开展一次食品安全满意度测评。此外，鼓励各校成立膳食监督家长委员会，以加强家长对学校膳食的监督。
《指引》还规定了学校食品采购、验收、加工、储存、配送等关键环节的管理措施，强调要严格把控食材供货质量，推行大宗食材进货查验制度，建立“双人或多人联检”机制，确保食材安全。同时，《指引》提倡推进中小学自营食堂建设，对于食堂承包（委托）经营及校外供餐服务，则需通过公开招标等方式确定合作伙伴，并实施严格的准入、考核评价和退出机制。
关于膳食经费管理，《指引》指出自主经营的中小学校食堂需独立进行会计核算，加强对营养改善计划学校的财务管理，指导各地科学统筹资金使用，全面强化监管并实现信息公开透明。中小学校自营食堂财务管理实行党组织领导下的校长负责制，校长需依法依规管理财务工作并对会计资料的真实性负责。食堂应设置专兼职会计、出纳员、库房管理员等岗位，明确各自职责，相互监督。非独立法人资格的学校食堂财务则纳入总校统一管理，采用“集中记账，分校核算”的模式。
为保障财务安全，中小学校还需建立健全食堂财务风险预警和内部控制机制，规范收入支出管理，严禁提供担保或举借债务。饭菜定价需遵循成本补偿与非营利原则，并经食堂管理领导小组集体研究后公示价格。食堂收入包括财政补助、伙食费、捐赠及其他合法收入，不得将其他非食堂相关收入转入其中，也不得挪用资金设立“小金库”。
学校收取伙食费时应积极推广网上缴费方式，直接汇入指定银行账户，避免公款私存现象发生。教职工在校内就餐须按学生标准支付费用，禁止侵占学生利益。预收的伙食费需根据实际消费情况确认收入，外来人员就餐也应按规定缴纳相应费用。食材采购款支付时必须取得合格发票并通过正规渠道支付给供应商，不得私自转付。
食堂运营成本计算依据为原材料消耗和人工支出，不包含政府投资形成的固定资产折旧。食堂工作人员工资福利及相关保险由地方财政负担的部分不应计入运营成本。非财政专项资金购置的固定资产需按月计提折旧并计入成本，低值易耗品及零星维修费用同样需要合理分摊。食堂结余资金应用于改善学生饮食条件，禁止用于发放职工福利或其他非食堂开支项目。
最后，《指引》强调了食堂财务信息的公开透明度，要求定期公布收费标准、采购详情、管理制度等内容，接受社会监督。针对家庭经济困难学生的生活补助发放问题，《指引》建议采取国库集中支付方式直接打入受助者银行卡中，特殊情况经批准后可选择其他形式发放。
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